Сюжет игры строится на начальной позиции последней арки, представленной в манге - арке семьи Шимон. Но, в силу того, что это всё же ролевая игра, наш сюжет развивается отлично от манги:
Савада и его хранители успешно вернулись из будущего, жители прошлого успешно получили собственные будущие воспоминания и жизнь пошла своим чередом. Но, с наступлением учебного года в средней школе Намимори появились новые ученики, переведённые из средней школы Шимон, разрушенной замлетрясением и просто решившие учиться в средней Намимори, как в более приглянувшимся учебном заведении. И всё бы ничего, если бы юного босса Вонголы не преследовала маячащая на горизонте церемония наследия, а в Италии не начали бы происходить загодочные убийства. Правда, по-началу эти убийства касались только мелких мафиозных семей и не получали должной огласки. Но, постепенно убийства коснулись и самого "младшего" по иерархии состава Вонголы, что заставило семью провести небольшое расследование. Но, расследование это не привело абсолютно ни к чему - лишь к выводу о новых, неизвестных до селе, видах пламени. И слухи об этих видах скоро настигли Реборна...
В то же время, в самых потаенных уголках Италии, неизвестно ни для кого, кроме них самих, набирает силы семья Акваросса, сила которой до того была скрыта в недрах Земли и только недавно была выпущена наружу. Их цель - уничтожение мафии, их оружие - элемент воды. Смогут ли они осуществить свой план, или же падут от руки мафии - вопрос, который решит время и решимость семей.

P.S. Семья Акваросса - появившаяся практически из ниоткуда семья, обладающая элементом воды и состоящая всего лишь из семи разношерстных человек. Характеры персонажей, пол и возраст полностью предоставлены вам, за исключением некоторых ограничений, указанных в специальной теме.